ClaudeがCRISPRに似た新酵素システムを自律発見
Claude discovers a novel enzyme system with CRISPR-like repeats

Anthropicの生命科学研究チームが、Claudeを使ってDNAデータベースを探索し、CRISPRに似た反復配列を持つ新酵素システム「ART」を発見した。約950のエージェントが21時間、2億1000万トークンを使って解析し、逆転写酵素(RT)の近くに規則的な反復配列を同定。実験で短いRNAが発現することも確認された。この成果は、AIが仮説生成から発見までを自律的に行える可能性を示す。
「RTの隣のDNAは壮観だ。肉眼でタンデムリピート配列が見える…これはCRISPRのような…反復配列?!」
HNでの議論
780- Spacecosmonaut
現在の進化したCas9(CRISPR)変異体は非常に効率的で、ヒトゲノムの標的カバレッジという点でも比較的自由度が高い。より小さなヌクレアーゼやより高い標的特異性は有用だろう。しかし治療用途は主にデリバリーによって制限されている。
これは既知のレトロン様逆転写酵素を中心に展開しているようだ。冷静な枠組みで言えば、次のようになるだろう:Claudeは既知の逆転写酵素の周辺でこれまで記述されていなかったゲノム配置を同定した。それほどセクシーな話ではない。
今のところ、これは主にAIが既存データを解析して新しい生物学を発見するためにどのように使えるかという話だ(それは素晴らしいことだ!)。
- shonenknifefan1
> RT付近の生のDNA配列を調べているうちに、エージェントはこう叫んだ:「[RTの隣のDNA]は壮観だ:肉眼でタンデムリピートアレイが見える…これはCRISPR様の…リピートアレイ?!」
AIによる発見では、エージェントのトランスクリプトからこうした発見を追体験できるのが好きだ。
未来の歴史書で、AIに関する注目すべき出来事がこうした直接引用をちりばめて語られる様子をなんとなく想像している。
- sashank_1509
Anthropicは、自分たちが実現しようとしている未来は何なのかを決める必要がある。
- 人間とエージェントの協働が重要な発見につながる
- Claudeに与えられたプロンプトは単なる高レベルの概要だけで、Claudeがそれ以外のすべてを自力で解き明かした。
推測するなら、Antが作りたいのは2番目の未来だ。特に彼らがリーマンゼータ関数の結果を説明した方法、「自信を持てとプロンプトしたら、もっと頑張って何かを証明した」という言い方を見るとね。もし本当にそれが望ましく、実現する価値があると思っているなら、この未来を自ら背負うべきだ(私は実現する価値があるとは思わないが、そこは意見が分かれてもいい)。
- jokoon
LLMがどうやってそうしたことを推論できるのか理解できない。
LLMは言語を使うが、生化学について「考える」ことはできない。
LLMには推論能力があるらしい。それは機械学習とは違うが、どう機能するのかはわからない。
- evolarjun
彼らがより伝統的なジャーナル投稿+プレプリントではなく、マーケティング用のホワイトペーパーを公開することにしたのは奇妙だ(あるいはそうでもないのかもしれない)。この研究は出版には十分に見えるが、彼らが行っている主張のいくつかについては査読者がこき下ろす可能性が高い。ただ、話題を考えれば、論文はとにかく受理されるだろう。
初級プログラマーの市場はすでに縮小しているが、それでもある程度の需要があり、妥当な給与を得ていた。では、ほとんど何も稼げず、しばしばひどい扱いを受けるポスドクはこれからどうなるのか?
- aakil
これは、生物学がLLMにとって数学よりもはるかに難しい問題領域である理由を示している。RTを見つけるのは退屈だが今日ではかなり実行可能で、彼らは生物学におけるナビエ・ストークスに相当するようなものから問題をかなり絞り込まなければならなかった。とはいえ、たとえ単なるマーケティングであっても、彼らがやっていることは嬉しい。
- 1659447091
なぜ誰もがブログや記事を「AIスロップ」だとすぐ指摘するのに、これらの企業が自社のLLMシステムが意識/知性/人格などであるという物語を後押しするために、微妙で、ほとんど欺瞞的あるいは操作的な言葉の選び方をすることを誰も気に留めないのか?彼らが作っているシステムはそれ自体の価値で十分に印象的だ。システムの基本すら理解していない大衆の無知につけ込むような、こんな嫌らしい言葉遣いをする必要はまったくない。
私たちはClaudeに、RTの興味深い新例を求めて巨大なDNA配列データベースを検索するようプロンプトを与えた。私たちの関与は最初のプロンプトと実験作業に限られ、Claudeエージェントがデータベースをくまなく調べ、異なるRTファミリーを調査し、独自の判断で興味深い候補を特定した。
代替案:私たちはClaudeに、DNA配列データベース内で異なるRTファミリーのパターンを見つけるようプロンプトを与えた。返されたデータには興味深い候補が含まれていた。
約950のエージェントが2億1000万トークンを使ってこのデータを21時間検索した後、あるエージェントが注目すべきものを見つけた:奇妙な見た目のRTの遺伝子の隣に存在する、DNA配列の反復パターンである。
代替案:950のインスタンスを21時間実行した後、そのうちの1つが、奇妙な見た目のRTの遺伝子の隣に存在するDNA配列の反復パターンに偶然行き当たった。
さらなる分析と私たちのラボでのテストの後、私たちはこのパターンがこれまで特徴づけられていなかった[…]を示していると認識した。
- ryanschaefer
なぜAI企業がこの種の研究を社内でエージェントを使って行い、外部と提携しないのか理解できない。
改善ループがより密で、発見をマーケティングにどう利用するかをよりコントロールできるからだろうか?
しかし、私には、彼らが中核製品に集中するのではなく、「何でも屋」企業になろうとしているように思えてならない…
- djierardi
なぜこれがプレスリリースであって、査読付きのScienceやNatureの論文ではないのか?
- actinium226
Claudeがこれを自力で見つけたのか、それともClaudeを使った誰かが見つけたのか?