分子シミュレーションのコードを自動最適化、メモリ律速を突破した手法
Automated optimization of a molecular simulation program
UC San DiegoのPaesani Research Groupと進めたMBXの最適化では、three-body water polynomialの評価をSIMDで並列化した。しかし中間変数の増大でメモリ需要がL1/L2キャッシュを超え、理論値の8倍には届かない。そこでlivesizeという指標を導入し、重複部分式の除去と文の並べ替えを自動で行う。最大livesizeは20%以上削減され、メモリ律速の壁を崩す道筋を示した。
最大livesizeはプログラムが必要とするメモリ量の下限として機能する。中間変数の配列は、任意の時点で生存するすべての中間変数を格納できるだけの大きさが必要なのだ。