科学はオープンソースソフトウェアである
Science Is Open Software
現代の科学はオープンソースソフトウェアと同義だと主張するブログ。ソフトウェアが再現可能で信頼できるものでなければ科学もまた再現可能で信頼できるものにはならないと説く。オープンソースの実践が科学的方法そのものであり、すべての結果が即座に再現でき、科学ソフトウェアがWikipediaのように進化する未来像を描く。コードの共有、NixOSの利用、既存ツールの活用、ソフトウェア貢献を評価する学术体制の必要性を訴える。
オープンソースソフトウェアは、シミュレーションの中での科学的方法そのものだと言えるかもしれない。
HNでの議論
65- txrx0000
一般的な意見には賛成だが、大きな注意点が一つある。環境全体を複製するのではなく、JVMやWebAssemblyのような仮想マシン仕様の上で再現可能なプログラムを実装すべきだ。その方が実用的で、ソフトウェアをさらなる中央集権化に押しやることもない。ユーザーには好きなOSやVM実装を使わせればいいし、自分で書いてもいい。
- D-Machine
現代においては、科学はもっとこうあるべきだ、うん。
しかし、学界の多くが焼け野原になるか、科学が現代のアカデミアから適切に分離されるまでは、決してそうはならないだろう。現在のアカデミアのインセンティブはすべて間違っている。低品質の研究が報われて論文になる一方で、高品質の研究（時間がかかり、たいていは最も刺激的な論文がp-hackingやその他のデータ依存の強い分析や選択的な提示に依存していることを明らかにする）は発表されないか、査読中に積極的に妨害される。
だから、データがプライバシー上の懸念から公開できないというくだらない議論になる（実際には、ほとんどのデータセットの大部分は識別要因を取り除くのは簡単で、k-匿名性を考慮する必要があるより複雑なデータセットでも、中核的な分析の再現を可能にするデータを公開するのは簡単だ）。そしてアカデミアの科学は、テックや産業と結びつかない限り、ますます無関係になっていく。そこでは、ガラクタを生み出すことが実際に経済的・個人的に深刻な悪影響を及ぼすのだ。
この記事／投稿がどんな世界に住んでいるのか知らないが、それは実際の現実という messy な世界ではない。
- flopsamjetsam
> すべての結果は即座に再現可能。新薬が症状を30%軽減すると主張する論文を読んだら、リンクをクリックして、その正確な分析がブラウザで実行されるのを見る。データ処理、統計検定、可視化は、著者が使用したのと同じ環境で数秒で実行される——再現可能なコンテナによって完全に保存されている。
少なくとも一部のジャーナルはこれを規定している。例：https://www.nature.com/nature-portfolio/editorial-policies/r...
特に「データの利用可能性」と「コンピュータコードとアルゴリズムの利用可能性と査読」について。
しかし、私の限られた経験では、特定のscRNA-seq処理パイプラインを再現しようとすると、実際には単なるGithubリンクとして利用できることは決してない。一部／多くの研究者のコードが良い状態にないことは理解できるので、これを利用可能にするのはかなり難しいと思う。
それでも、利用可能にしようとする試みは称賛に値すると思う。過去に私にとって確かに非常に役立っただろう。
- willtemperley
> 現代科学はオープンソースソフトウェアと同義である。
再現性に関するもう一つの問題は、基盤となるデータのオープン性だ。多くの学者は金の卵を手放すことを恐れており、ソフトウェアはデータなしではしばしば役に立たない。
しかし、多くの科学者はオープンに研究している。例えば、The Journal of Open Source Software：
- random3
科学はオープンだが、科学はソフトウェアではなく、ソフトウェアは間違いなく科学ではない。