Линия на холсте Obsidian не создаёт связи между заметками — а в Heptabase создаёт
An architectural comparison of Obsidian Canvas and Heptabase

Obsidian Canvas хранит визуальные раскладки в отдельных файлах .canvas на открытом формате JSON Canvas, поэтому стрелки на доске — лишь координаты, а не ссылки: они не попадают в граф связей хранилища. В Heptabase карточки — глобальные сущности, а доски — лишь невладеющие представления над общей библиотекой, так что связь запоминают обе карточки. Итог: переносимость против индексации — открытый формат без графа связей или связанный граф, запертый в проприетарной экосистеме.
Визуальные связи на холсте не являются настоящими ссылками и потому не отображаются в графе связей.