MBX 分子模拟程序的自动优化

Automated optimization of a molecular simulation program

我在 UC San Diego 的 Paesani Research Group 参与 MBX 分子模拟软件优化时，发现单纯引入 SIMD 向量化虽能提升计算速度，却因中间变量激增导致内存需求爆炸，反而拖慢整体性能。我们提出'livesize'概念追踪活跃变量，并通过冗余子表达式消除和基于 DAG 的语句重排算法，将内存占用降至理论下限。这一过程揭示了高性能计算中内存吞吐与计算速度的微妙平衡，证明了自动代码重构在释放硬件潜力中的关键作用。